No dia 13 de Maio de 2005, o seu sucessor Bento XVI fez uma excepção à regra do Código de Direito Canónico em relação à beatificação de João Paulo II, tal como este havia feito em relação à Madre Teresa de Calcutá. Abrindo mão dos cinco anos que são dados para o início do processo (que se dá a partir da morte daquele que vem a falecer em fama de santidade).
O seu processo de beatificação foi aberto em 28 de Junho do mesmo ano. No dia 19 de Dezembro de 2009, o Papa Bento XVI proclamou-o "Venerável", ao promulgar o decreto que reconhece as virtudes heróicas do Servo de Deus João Paulo II, um importante passo dentro do processo de beatificação que fica aguardando a existência de um milagre realizado pela intercessão do papa polonês.
No dia 14 de Janeiro de 2011 o Papa Bento XVI aprovou o decreto sobre um milagre atribuído ao Papa Wojtyla, permitindo a sua beatificação que aconteceu em Roma no dia 1 de Maio de 2011. Desde de Junho de 2005 até Abril de 2007 foram realizados o inquérito diocesano principal romano e em diversas dioceses, sobre a vida, as virtudes e a fama de santidade e de milagres. Em vista da beatificação, a postulação da causa apresentou ao exame da Congregação para as Causas dos Santos a cura do mal de Parkinson da Irmã Marie Simon Pierre Normand, religiosa do Insitut des Petites Soers des Maternités Catholiques. Os peritos se manifestaram a favor da inexplicabilidade científica da cura e a Congregação para as Causas dos Santos emitiu uma sentença considerando milagrosa a cura da religiosa francesa, a seguir à intercessão de João Paulo II. A beatificação de João Paulo II, presidida pelo seu sucessor, é um facto sem precedentes: nenhum papa elevou às honras dos altares o seu imediato predecessor.
Seis anos após o seu falecimento, no dia 1° de Maio de 2011 às 10h37 (horário de Roma), a sua beatificação foi proclamada pelo Papa Bento XVI. Ele, acolhendo o pedido do vigário de Roma, Agostino Vallini, leu a fórmula latina que incluiu o papa polaco entre os beatos. O seu processo de beatificação foi o mais rápido dos últimos 700 anos, sendo o processo de canonização mais rápido até hoje o de Santo António de Lisboa que foi canonizado apenas 11 meses após sua morte. A celebração do seu dia será em 22 de Outubro, aniversário da sua eleição ao pontificado.
A cerimónia foi acompanhada na Praça de São Pedro por mais de um milhão de pessoas, vindas de todos os continentes, com aplausos e cantos religiosos. Bento XVI celebrou a cerimónia - com paramentos que pertenceram a seu antecessor - acompanhado por cardeais presentes em Roma, como Stanisław Dziwisz e por Mieczysław Mokrzycki, ex-primeiro e segundo secretário particular de João Paulo II.
Bento XVI recebeu uma relíquia contendo o sangue de João Paulo, que lhe foi entregue por Marie Simon Pierre Normand. O milagre com que foi tocada a religiosa foi um dos factores decisivos para a beatificação de João Paulo II. Bento XVI também declarou que o processo de beatificação foi acelerado devido à grande veneração popular por Woijtila.
